吴店镇中心小学前身为“白水高等小学”(私办），创办于一九一二年，一九三四年更名为“枣阳县第四区公立小学”，自此由私办变为公办。一九四二年，因吴店行政变更易名为“吴店乡中心小学”，解放后定名为“吴店小学”。一九八四年与吴店镇第一初级中学分家并迁址重建，当时的吴店镇委、镇政府动员全镇群众集资近12万元在吴店镇荷花街东端为学校新建一栋三层教学楼，学校正式被命名为“吴店镇中心小学”。随着教育事业的发展，原有的校园已无法满足教育发展需求，一九九五年，经当时的枣阳市教委批准，学校再度迁址重建，1996年8月，学校整体迁入新校区即吴店镇皇城路1号。
学校占地总面积29400平方米，建筑面积13000平方米，绿化面积8000平方米，体育运动场7000平方米，现有个30教学班，在校学生1827人，教职工117人。
在迎接湖北省教育均衡发展检查过程中，学校积极向教育主管部门争取资金、争取项目，先后投入400余万元，对校园环境进行美化、亮化，改建学校大门，新建篮球场、羽毛球场、塑胶跑道、休闲小广场，将校园内所有主干道全部刷黑，在教学楼外墙上安装电子显示屏，在教学楼一楼大厅内设置师生“笑脸墙”，为学校每栋楼、每条路、每个教学班设计个性化的名字……通过造型别致的大门、充满现代气息的雕塑、花繁叶茂的立体花坛、趣意盎然的主题公园等新颖的设计，将学校打造成师生喜爱的学园、乐园。如今的吴店镇中心小学，校园布局合理，环境优雅，一年四季，季季有景，角角落落，处处有花；学校配套设施齐全，兴建有标准化学生食堂、宿舍，能满足学生在校学习、生活的需要；教学设施先进，配备有科学实验室、计算机教室、图书室、阅览室、多媒体教室、音乐教室、美术教室、心理咨询室、卫生室等9个专用功能室及配套的器材保管室，所有教室均配置有电子白板。