东北财经大学管理科学与工程学院是在原信息工程学院、电子商务学院和数学与数量经济学院管理科学专业的基础上于2009年合并组建而成。其中，原信息工程学院的前身是创建于1984年10月的经济信息系，2006年11月更名为信息工程学院，是东北地区乃至全国财经类高等院校中成立最早、资格较老的同类院系之一；原电子商务学院成立于2001年4月，是经国家教育部正式批准的电子商务本科教育试点单位之一，也是我国最早成立的电子商务专业教育的学院之一。
东北财经大学管理科学与工程学科于1985年在全国率先招收经济信息专业本科生，2000年获硕士学位授予权，2005年获一级学科博士学位授予权。经过多年的建设和发展，学院目前设有管理科学与工程一级学科博士学位授予权，管理科学与工程、计算机应用技术、电子商务、工程管理专业硕士四个硕士学位授权点；信息管理与信息系统、电子商务、管理科学、计算机科学与技术四个本科专业。2008年3月管理科学与工程学科被辽宁省教育厅确定为省级重点学科，2009年7月被辽宁省教育厅“提升高等学校核心竞争力特色学科建设工程”确定为“高水平重点学科”,2013年10月被辽宁省教育厅增列为“提升高等学校核心竞争力特色学科建设工程”特色项目学科，2014年被确定为辽宁省高等学校一流特色学科第二层次。该学科在2012年全国学科评估中，在辽宁省属学校排名第一，财经类院校处于前列。
学院拥有一支年龄、学历、职称和学缘结构合理的高水平教师队伍，其中博士生导师6人，教授16人，副教授24人；具有博士学位的教师占教师总数的72%。他们中，有教育部长江学者奖励计划特聘教授、国家杰出青年科学基金获得者、国务院学位委员会学科评议组成员、国家自然科学基金和国家社会科学规划基金学科评审专家组成员、享受国务院政府津贴的知名教授、教育部教学指导委员会委员、学科带头人和骨干教师等。