2013年初，因整合优化教育资源满足优质教育需求，经南京市政府批准，南京市第二十四中学、第二十八中学整合，更名为南京市第五初级中学。南京这两所小班化窗口学校合并为南京市第五初级中学，学区拟为所辖石鼓路、汉中门、朝天宫、秣陵路、建邺路和府西街等6个小学。新诞生的“南京市第五初级中学”将有望打造成南京市小班化初中精品名校。
南京市第二十四中学：始建于1901年，首任校长周寄高先生创办的“成美学堂”，2001年被省教育厅命名为首批省示范初中，2005年成为南京市首批小班化学校，2009年加入“南京市百年老校文化推新”课题，2010年完成校舍改造、文化推新和提档升级，成为南京市小班化窗口学校。近几年，学校办学质量不断攀升，办学特色日益彰显，社会美誉度高。被评为区教育质量评估一等奖、南京市素质教育示范初中、青奥示范校、数字化示范学校、首批“网络与数字环境下教学实验项目学校”、“星光学校”机器人基地校、江苏平安校园和现代教育技术应用先进单位。南京市第二十八中学：始建于1931年，原名“冶城”中学。2007年被列为南京市小班化学校，2011年完成校园改造出新，面貌焕然一新。近几年，学校重视内涵建设，以爱心教育为抓手，不断深化素质教育，办学质量显著提高。被评为区教育质量评估一等奖、教育改革发展突出贡献单位、区文明单位、南京市德育先进学校、五四红旗团委、江苏省优秀家长学校、陶行知研究会基地学校。
2013年初，因整合优化教育资源满足优质教育需求，经南京市政府批准，南京市第二十四中学、第二十八中学整合，更名为南京市第五初级中学。