基础医学院的前身是医学基础部，始建于1956年，1994年更名为基础医学院。目前，基础医学院涵盖完整的生物学和基础医学两个一级学科所属的教学和科研体系，下设14个教研室、2个研究室和1个实验教学中心。拥有基础医学和生物学2个一级博士学位授权学科 和 博士后流动站，1个教育部重点实验室，1个卫生部重点实验室，1个辽宁省重点实验室（科技厅），1个辽宁省高校重点实验室（A级），6个辽宁省重点学科（细胞生物学、病理学与病理生理学为提升计划学科，医学遗传学、生物化学与分子生物学、人体解剖与组织胚胎学、医学免疫学为特色突出计划学科）。生物学和基础医学一级学科为辽宁省高等学校一流特色学科。2015年学院所属的“生物学与生物化学”和“神经科学与行为学”进入国际ESI学科排名的前1%。
学院现有教职工316人，其中教授74人、副教授78人，60人为博士生指导教师。在职人员中有研究生学历人员247人，具有博士学位人员181人。有国家教学名师1人，全国优秀教师1人，国务院学科评议组成员1人，教育部创新团队1个，教育跨世纪人才/新世纪优秀人才支持计划2人，国家卫计委有突出贡献中青年专家1人，国务政府特贴专家8人，辽 宁省特聘 教授3人，辽宁省攀登学者2人，辽宁省优秀教师5人，辽宁省教学名师4人，中华医学会专科分会主任委员和副主任委员4人，辽宁省一级学会主任委员和理事长6人，辽宁省“百千万人才工程”百人层次12人。
学院承担七年制、英语班、日语班、五年制本科生，博士、硕士研究生，以及国际医学班等多层次教学任务，共开设基础课程36门。学院有国家级实验教学示范中心1个，省级实验教学示范中心3个。 “十二五”期间承担各类教学课题37项，其中国家级教学课题2项；开展国家级继续教育项目15项；主编全国高等学校“十二五”国家级规划教材16部；获省级优秀教学成果奖16项；国家级精品资源共享课3门，省级精品资源共享课9门；国家级双语教学示范课程1门，省级双语教学示范课程2门。学院教师指导全国大学生创新实验设计大赛和基础医学创新论坛，共获得一等奖5项、二等奖10项、三等奖9项；获国家级大学生创新创业训练项目21项，省级大学生创新创业训练项目38项。