上海市三林中学创立于清光绪二十二年（公元1896年），是一所具有百年文化底蕴的老校。前身为“三林书院”，院址设于三林镇文昌阁，由陈行贡生、地方教育家秦荣光，会同杨思武举周希濂、三林巨商汤学钊集资创办。清光绪二十八年（公元1902年）改制为“三林学堂”。清光绪三十三年（公元1907年）改为“三林高等小学校”。中华民国元年（公元1912年），校舍毁于火，校长秦锡田（秦荣光之子）与监学赵履福苦心擘划，重建新舍，改称“三林、陈行、杨思乡立高等小学校”，与三林乡立初等小学4所学校合并，设置学校联合长管理，联合长秦锡田。中华民国十五年（公元1926年），杨思划为市区，遂易名“私立三林小学校”。中华民国十九年（公元1930年）由主席校董秦锡田、校长丁仁科筹划建立中学部，初名“私立三林职业中学”，第一任校长由丁仁科兼任。翌年即改称“私立三林初级商科职业学校”。中华民国二十六年（公元1937年）“八一三事变”后，日本军逼境，学校迁至上海公共租界的爱文义路（今北京西路黄河路口）平和里44号续办，并设高中商科。中华民国三十年（公元1941年）12月太平洋战争爆发，日本军势力侵入租界，校董会决定宣布中学停办。时三林原校址曾为日本占领当局办设的“上海市第四中学”。抗日战争胜利后，学校于中华民国三十五年（公元1946年）2月迁回三林镇原址正式复课。由于学校设备已破坏殆尽，遂改为普通中学，并增设高中班，定名“私立三林中学”。1950年秋，学校增设电讯、机械两科，招收該校及松江专区初中毕业生。1953年1月，学校改为公立，更名为“上海县三林中学”。1958年9月，市区晓光中学5个高中班级连同任课教师并入。1965年起向市区招生，接收上海市区高中寄宿生。1966年“文革”开始，教学设施遭严重破坏。粉碎“-”后，政府屡拨巨款修缮并建造校舍。1978年1月，学校被列为上海县重点中学。1993年由原上海县划归浦东新区，现为浦东新区重点中学。学校于1992年被当时的上海市教育局命名为“上海市一期课程教材改革试点单位”，1999年又被上海市教育委员会命名为“上海市二期课程教材改革实验基地”。
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