复旦中学前身为复旦公学，1905年由近代爱国教育家马相伯创建，与复旦大学同根同源。1912年复旦首席校董、临时大总统孙中山授令，南京临时政府批准，指拨李鸿章祠堂为复旦公学校址。1917年公学升格为复旦大学，中学部改为复旦大学附中。1922年大学部迁至江湾，附中仍留原址。1944年改称复旦中学。1950年陈毅市长为复旦中学题写校名。一百多年来，复旦中学为国家培养了一批文化名人、名师，多位院士，输送了数以万计的国家栋梁之材。
立校始，提出“博学而笃志，切问而近思”校训，倡导“服务、牺牲、团结”、“学术独立，思想自由”精神，严谨治校，一以贯之。在传承复旦思想本源的基础上，学校锐意改革、创新和进取。90年代初期，学校制定了“清、熟、活”的教学目标与要求，实施了有切实效果的教学常规和学习常规。90年代后期至新世纪初，“发展性教育”、“历史名校可持续发展”、“聚焦课堂教学 提升生命智慧”等课题的思考和实践，引领全校师生面对时代变革，全面提升修习素养和综合能力。近年来，学校以文化立校、自强育人思想为指导，既重内涵发展，又重外延拓展，正努力办成具有独特个性，有自身文化品格和文化精神的实验性、示范性高级中学。
复旦中学是上海市文明学校、上海市行为规范示范学校、“联合国ESD项目实验学校”、“上海市TI数理技术实验学校”、“上海市知识产权试点学校”、 “上海市科技教育特色学校”、“上海市体育传统教育学校”、“上海市摄影特色学校”、区“双语教学实验学校”、区“艺术教育特色学校”等。