广州市育才小学的前身是基督教培贤女子神学院，始建于1920年。解放后，由市人民政府接管办起工农速成中学。1953年8月，改为广州市育才小学。1956年，育才小学与市立东区二小、东区八小、私立道青小学合并为保安街二小，后称寺贝通津小学。
1960年9月，由市教育局指定进行十年一贯制试验，与市七中合为广州师院附属实验学校。1964年，复名寺贝通津小学。1986年9月开始在三至五年级开设体育班。1988年——1989年度先后招收小学和初中一年级体育生，并于1988年5月定名为“东山区育才体育运动实验学校”，后又定名为“东山区育才学校”。2001年被评为广州市一级学校。2003年2月，育才学校与育鹰小学、水均岗小学三所学校合并，搬迁到东风东路782号，保留了“东山区育才学校”的校名。
现育才小学占地面积1.5万平方米。建筑面积11354平方米，绿化覆盖率达60%。全校现有141位正式教职员工，47个教学班，其中8个是体育特色班，1个管乐特色班。共有学生2320人。学校拥有具现代特色的体育馆，恒温泳池和体操训练馆等齐全先进的教学设备，有7000平方米的运动场。学校拥有多媒体多功能室、电脑室、合唱室、美术室、自然实验室等专用室。