东临上海，西靠存瑞中学，面对上大附中。如果说优越的地理环境，优美的新校舍，优良的教学设备是我校最大的先天优势。那么，先进的教育理念，人性化的管理，合理的师资结构，是我校的立足之本。
1999年9月祁连二小在上海市对基础教育设施整改和祁连房产开发的背景下建立，学校领导班子和教职工大多来源于原祁连中心校及其下属村校。2000下半年学校开始了“当前形势下少年儿童科学思想养成”的课题研究， 2001年为了使争章活动更具趣味性、系统性、有效性和可操作性，学校筹建了“少儿科学探索隧道”，开始了新的教育方案的探索和尝试。这个隧道充分体现了学校以孩子为本、以科学教育为主的理念，是在校少先队员系列化争章考章的主阵地。我们旨在通过隧道内的科普特色活动不仅向本校而且也为周围所有学校学生提供学习科学知识、培养科学精神的基地，最终形成特色资源和成果共享的网络。“少儿科学探索隧道”是学校对儿童进行科学教育和少先队雏鹰争章活动的一个重要场所，是学校推行陶行知先生儿童科学教育实践的窗口，我们致力把它办成科学知识学习的园地、科学能力运用的阵地、科学精神培养的基地，使之真正成为“行以求知知更行”的乐园。2002年“少儿科学探索隧道”被命名为“英特尔上海市青少年科普教育基地”。
学校特色教育研究在区进修学院教科室的指导帮助下，取得了长足的进步。2002年 “科学探索隧道系列争章活动”被评为宝山区科技活动二等奖、优秀组织奖和“第十界上海市青少年创新大赛”科普活动三等奖，“畅想二十一世纪——少先队科普读书活动”被评为上海市先进集体，文汇报、解放日报、上海科技报、宝山报、上海教育、上海辅导员杂志等多家媒体对我校特色教育相继作了报道，年底学校被华东师范大学祝智庭教授领衔的“十五期间国家重点课题”组授予“现代信息技术理论与实践实验基地”称号。