南码头小学地处浦东南码头，为创办于1917年的塘桥乡第二小学，原址在浦东吴家宅。1918年迁现址。1920年更名为塘南小学，改公办。抗战时因校舍被炸一度停办，1945年复校，称塘南国民学校。 解放后改现名。1958年曾改名为浦东县东昌第四中心小学，1978年定为南市区中心小学，1993年划归浦东新区，称上海市浦东新区南码头小学。
学校校舍全是解放后新建大楼，占地面积7053平方米，建筑面积5993平方米。教学设施有计算机房、语言室、实验室、图书室、音乐室、民乐室、舞蹈室、活动室、阶梯教室等。全校有34个教学班，学生1300多人，教职工103人。其中中学高级教师2人，小学高级教师31人，占教师总数37%。
南码头小学是一所历史悠久、规模较大的办学示范级学校。学校现有学生一千二百多人，三十多个教学班，教师近100名。学校曾获得“区文明单位”、“市行为规范示范校”、“全国雏鹰大队”等荣誉称号，还被命名为“全国现代教育技术实验学校”、“市心理健康教育实验校”、“市愉快教育研究基地”“双语教学实验基地”“新区信息技术特色学校”等。 学校拥有一支教学能力强、业务精的教师队伍，在各科教学中注重全方位、多层面的渗透与实施，如语文教学中的自主探究学习、英语教学中的中外籍教师教学交融、数学学科的多向思维方式的培养等等，在多年来的实践探索中已形成了自己的独特风格，在市、区有较高的知名度。学校在参加各级各类的学科竞赛中总能名列前茅、硕果累累。